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Les taxonomistes continuent à découvrir et décrire de nombreuses nouvelles espèces dans les forêts africaines et par des analyses phylogénétiques, ils essayent d’obtenir des informations sur l’origine de cette diversité. Une des familles les plus importantes dans les forêts africaines est la famille des Rubiaceae. Presque 1 sur 10 espèces dans ces forêts appartient à cette famille. Un des genres, c.-à-d. Bertiera, est le sujet de cette proposition de recherche.

La quasi-totalité des travaux actuellement menés au Cameroun sur la biodiversité porte sur la taxonomie basée sur les caractères morphologiques. Peu d’études sont menées sur la distribution à cause du manque de données disponibles. Le présent projet vise deux objectifs majeurs à savoir, la formation aux techniques de taxonomie moléculaires d’une part, et la formation à la création et à la gestion d’une base de données.

• La première partie du stage portant sur la phylogénie permettra de délimiter le genre Bertiera en Afrique, de confirmer sa position au sein de la Tribu des Coffeeae, de mettre en évidence les relations évolutives entre quelques espèces de ce genre en Afrique.
• La deuxième partie du stage portant sur les bases de données permettra d’élaborer une base de données sur les Rubiaceae au Cameroun et de faciliter l’accès à cette base par tous les chercheurs qui le désirent.

La formation aux techniques d’analyses moléculaires sera effectuée au Laboratoire d’étho-écologie évolutive du l’Université Libre de Bruxelles (ULB) et portera sur l’analyse des échantillons de Bertiera récoltés lors des missions de terrain au Cameroun. La formation à la création et à la gestion des bases de données sera effectuée simultanément au Laboratoire de Botanique systématique, et de Phytosociologie de l’ULB et au Jardin Botanique National de Belgique à Meise.

2010 internship:

Pendant le stage de 2007, l’étude phylogénique a été initiée. Une petite matrice de données basée sur trois marqueurs moléculaires (rbcL, psbA-trnH et trnC-ycf6) des espèces du genre Bertiera est disponible. Toutefois, les marqueurs utilisés étaient trop conservateurs et ne permettaient pas d’établir la phylogénie du genre Bertiera. Ces marqueurs nécessitent donc d’être remplacé par d’autres marqueurs. Dans le présent projet, ITS, accd-psa1, rpl16, et trnl-T seront employés pour obtenir une phylogénie très résolue.

Ce stage permettra d’apprendre de nouvelles techniques d’analyse de données comprenant entre autres : l’évaluation de distance de la génétique, les analyses bayésiennes, et les analyses de calibrage d’arbres phylogéniques en utilisant les évènements géologiques ou fossiles pour dater les nœuds sur les arbres.